日本最大のカルスト台地である秋吉台の地下100mに広がる、日本最大規模の鍾乳洞です。3億年もの年月をかけ、雨水により石灰岩台地が浸食を受けて造られました。鍾乳洞の総延長は10.7kmを越え国内第2位です。観光が可能なコースは約1kmあります。温度は一年を通して約17℃と一定しています。棚田状のリムストーンプール(畦石池)の中には、シコクメクラヨコエビ、ニホンヨコエビ、アキヨシミジンツボ、カニなどの水棲生物が生息しています。秋吉台地下水系としてラムサール条約に登録されています。

洞内富士：直径約5mの巨大な石柱です。裾広がりとなった姿は富士山のようです。黄金柱：天井近くの岩の隙間から流れ出た地下水が作り出したフローストーン(流華石)です。根本近くに、地盤沈下による亀裂があります。